Исходное сырьё (масло или жир) подаётся в установку партиями. Каждая партия последовательно проходит через ряд аппаратов периодического действия, в каждом из которых реализуется отдельная стадия технологического процесса. В базовой комплектации установка выполнена без автоматизации, при этом все операции управления и контроля (управление запорной арматурой, включение и отключение насосов и нагревательных элементов, контроль температурных режимов, контроль уровней заполнения, дозирование и загрузка щелочи в реактор, замена сорбента в фильтрах-сорберах) выполняются обслуживающим персоналом.
На начальной стадии масло закачивается в подогреватель, где осуществляется его нагрев до заданной температуры. Параллельно в реактор загружается спирт (метанол или этанол), включаются мешалка и система подогрева, после чего производится дозированная загрузка щелочного катализатора. После достижения требуемой температуры масла в подогревателе и полного растворения щелочи в спиртовой фазе масло перекачивается в реактор.
По достижении заданной степени конверсии в реакторе реакционную смесь, состоящую из эфирной и глицериновой фаз, перекачивают в сепарационную ёмкость, где осуществляется гравитационное разделение фаз. После завершения отстаивания нижний слой (глицерин) отводится в ёмкости хранения глицерина, а верхний слой (эфирная фаза) направляется в выпарные ёмкости для удаления остаточного спирта.
Выпаривание метанола (или этанола) осуществляется при включённых нагревателях до достижения заданной температуры, после чего нагрев прекращается. Установка оснащена двумя выпарными ёмкостями, работающими попеременно: одна находится в режиме нагрева, вторая — в режиме охлаждения. Образующиеся пары спирта отводятся в конденсатор, охлаждаемый проточной водой, где происходит их конденсация. Конденсат спирта самотёком направляется в ёмкости хранения для повторного использования.
После частичного охлаждения эфирная фаза подаётся на блок фильтров-сорберов, предназначенных для удаления растворённого щелочного катализатора и остаточных примесей. Сорбент в фильтрах периодически заменяется, для чего отдельный фильтр-сорбер выводится из работы. Очищенный биодизель после блока сорбционной очистки направляется в ёмкости хранения готовой продукции.